在制藥行業,氮氣被廣泛用于防止氧化的制造工藝過程中,對于一些易于氧化的藥劑的儲藏過程中也使用氮氣作為一種有效的保護手段。通常易于氧化的水針(青霉素等)和大輸液(如氨基酸等)都需要充氮保護,否則藥液在保存期里很容易氧化,即變質。藥用制氮機與其他氮氣設備不同的是因醫藥行業國際標準GMP規定,與藥品或藥液接觸的部分均采用不銹鋼材質及除菌方面的要求,設備需要采用不銹鋼材質,設備氮氣出口部位加裝除菌過濾器裝置,也因制藥行業對設備總體要求高,通常會選用更高標準的配置,以滿足該行業的特殊要求。
氮氣也用于原料藥制造、藥物充氮包裝、運輸和中草藥的防蛀、防腐等。